Polen ambrozije izaziva alergiju kod 10% ljudi. Od svih polenskih alergija polen ambrozije je uzročnik u 50 do 60% slučajeva. Kod najosetljivijih osoba 8-20 polenovih zrna u 1 m3 vazduha može da izazove jake reakcije, a samo jedna biljka ambrozije produkuje 1-8 milijardi polenovih zrna.
U polenu ambrozije je konstatovano 52 jedinjenja koja su alergogena od kojih su 6 posebno opasni. Alergijska reakcija se prvenstveno javlja na gornjim disajnim putevima. Otežano disanje i pojačana sekrecija su osnovni oblici alergije koja može u nekim situacijama preći i u astmatične napade. Sve češće se u svetu beleže smrtni slučajevi izazvani preteranom alergijskom reakcijom na ambroziju.
Ambrozija ne izaziva samo reakcije kod ljudi već i kod životinja.